反滲透裝置是醫藥用水處理係統的核心部分，對水質是否達標起決定性作用。工作流程是主要由一級高壓泵、一級反滲透裝置、二級高壓泵及二級反滲透裝置構成。水被高壓泵施加壓力作用下進入反滲透膜被分成兩部分，通過反滲透膜的水稱為純水未能通過的水稱為濃水。在一級反滲透裝置中，一級純水直接進入二級高壓泵，一級濃水一部分返回一級高壓泵繼續使用另一部分直接排放。在二級反滲透裝置中二級濃水返回到一級和二級高壓泵入口二級產純水直接供給醫藥製品間使用。